媒體報導帛琉總統陶瑞賓曾表示2005年一筆14億元新台幣鉅款透過帛琉的銀行進行轉匯，扁辦發出聲明稿表示，秘密外交案日前特偵組已偵結起訴，與陳水扁有關為出訪零用金約33萬美金有爭議，其他秘密外交專案則與扁無涉，且該款項是否為援外公款或為特定人士所擁私款，特偵組至今三緘其口，呼籲檢察總長陳聰明與特偵組向社會大眾說明清楚。

扁辦指出，陳水扁已多次否認曾利用華航專機或空軍行政專機載運現金到國外洗錢，至於外交部是否透過此模式執行援外工作，陳水扁本人並不清楚，相關細節應由外交部對外說明。

扁辦也表示，秘密外交案偵查近兩年時間，相關重大外交機密不斷外洩，如今竟有如此龐大鉅款未曾清查，極可能對台灣國家利益造成嚴重的損失，相關的不作為，是特偵組怠忽職守？還是另有隱情以掩護、包庇特定人士？陳聰明與特偵組有必要對社會大眾說清楚、講明白。

扁辦也不滿指出，機密外交案所有卷證均列為國家機密，不得對外洩漏，並以秘密庭的方式進行審理，但開庭前夕，卻有特定媒體將相關訊息刻意予以披露，陳水扁與其辯護卻基於保密的義務，無法對外進行辯駁，進而遭受輿論不公審判，基於審判公平原則，要求台北地方法院合議庭主動諭知要求媒體自律，審理期間不得刊載與案情相關訊息，以保障被告的基本權益。