立法院院會上午三讀莫拉克颱風災後重建特別預算案。原先行政院提出預算總額度為新台幣1200億元，在朝野共識下小刪約35億元，最後通過金額為1164.79億元，全數舉債支應，刪除幅度不到3%。

88水災重創中南部，成為50年來最嚴重的水患。為了處理後續重建工作，行政院編列98至101年1200億元的莫拉克災後重建特別預算。審查過程中最大爭議，在於衛生署編列67 億元購買H1N1疫苗，民進黨立院黨團主張全數刪除，應由公務預算支應，最後經過朝野協商減列10億元，以57億元過關。至於原本編列的50億元預備金則是遭民進黨質疑可能有選舉綁樁之嫌，最後刪除20億，改列為30億元。

院會同時通過民進黨團提案，指出政府在還沒與部落社區居民討論遷村地點前，就要求個別災民簽署永久屋意願書，甚至只限制在特定地點作為遷村的唯一選擇，違反民主程序，通過決議行政院應該依據家園重建流程，先行與災民進行諮商，依其需要提供適當的中繼居所或永久屋。

為落實監督，院會也決議特別預算案中編列預算的單位，應針對相關經費配置、運用明細向立法院相關委員會提出報告，並請審計部進行專案查核，在年度決算審核報告中一併提出。

莫拉克災後重建預算分4年度編列，分別是98年度為341億元、99年度為534.95億元、100年度為216.62億元、101年度為72.2億元。